Τα πολλά σλαβικά τοπωνύμια της περιοχής υποδεικνύουν ότι το Ζαγόρι επηρεάστηκε από τις μεγάλες σλαβικές επιδρομές στις αρχές του 6ου αιώνα, καθώς και από την εγκατάσταση σλαβικών φύλων. Κατά τη βυζαντινή περίοδο, ιδρύθηκαν πολλά μοναστήρια, με χαρακτηριστικό παράδειγμα τη Μονή της Μεταμόρφωσης στην Κλειδωνιά, η οποία ιδρύθηκε τον 7ο αιώνα από τον Βυζαντινό Αυτοκράτορα Κωνσταντίνο Δ΄ τον Πωγωνάτο.
Από το 1204 έως το 1337, το Ζαγόρι αποτέλεσε μέρος του Δεσποτάτου της Ηπείρου. Στα τέλη του 14ου αιώνα, οι Ζαγορίσιοι εμφανίζονται δυναμικά στην ιστορία της Ηπείρου, όταν διώχνουν τους Αλβανούς που επιτίθονταν στα Ιωάννινα το 1389. Σημαντική είναι η χρονιά 1348, όταν η περιοχή πέρασε υπό σερβική εξουσία, ενώ το Δεσποτάτο της Ηπείρου ανασυγκροτήθηκε και τέθηκε υπό τη λατινική κυριαρχία του Κάρολου Β΄ Τόκκου.
Η ιστορία της περιοχής είναι γεμάτη από συγκρούσεις και μεταβολές εξουσίας, που διαμόρφωσαν τη σημερινή πολιτιστική και κοινωνική της ταυτότητα. Η βυζαντινή κληρονομιά, σε συνδυασμό με τις επιρροές των σλαβικών και αλβανικών φύλων, καθόρισε την πολιτιστική πορεία του Ζαγορίου.
Το Ζαγόρι υποτάχθηκε στους Οθωμανούς το 1430, κατά την περίοδο του Σουλτάνου Μουράτ Β΄. Η περιοχή εξασφάλισε ένα προνομιακό καθεστώς που της παρείχε αυτονομία, αυτοδιοίκηση και απαλλαγή από φόρους. Αυτές οι ευνοϊκές συνθήκες, σε συνδυασμό με την οικονομική άνθηση λόγω της ανάπτυξης του εμπορίου, οδήγησαν σε σημαντικές κοινωνικές και πολιτιστικές αλλαγές.
Τα έσοδα που προήλθαν από το εμπόριο διοχετεύθηκαν σε αξιόλογες κατασκευές και κτίρια, ενώ το Ζαγόρι δεν διαμοιράστηκε ποτέ σε Τούρκους γαιοκτήμονες. Αντίθετα, αναπτύχθηκε μια ισχυρή εμπορική τάξη με διασυνδέσεις στη Ρουμανία, τη Ρωσία και την Κωνσταντινούπολη, που ενίσχυσε την ευημερία της περιοχής κατά την Τουρκοκρατία. Τα βουνά του Ζαγορίου, όντας έξω από τον άμεσο οθωμανικό έλεγχο, αποτέλεσαν καταφύγιο για Έλληνες που διώκονταν από τις οθωμανικές αρχές.
Το 1820, μετά την εξέγερση του Αλή Πασά, μια τουρκική δύναμη 1.500 ανδρών υπό τον Ισμαήλ Πασά εισήλθε στο Ζαγόρι ως μέρος ενός στρατού 20.000 ανδρών που στάλθηκε εναντίον του Αλή Πασά. Ο Αλέξης Νούτσος από το Καπέσοβο, μέλος της Φιλικής Εταιρείας, ηγήθηκε της αντίστασης κατά του Αλή Πασά. Ωστόσο, οι δυνάμεις του Σουλτάνου υπερίσχυσαν, και ο Ισμαήλ Πασάς αφαίρεσε σχεδόν όλα τα προνόμια που είχε το Ζαγόρι, αφήνοντας μόνο το δικαίωμα διορισμού τοπικού διοικητή, του οποίου οι εξουσίες ήταν ουσιαστικά συμβολικές, ενώ παράλληλα επέβαλε βαριά φορολογία. Αυτές οι συνθήκες οδήγησαν σε επιδρομές από Αλβανούς και ντόπιους ληστές.
Το Ζαγόρι απελευθερώθηκε τελικά το 1913, κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών Πολέμων. Η απελευθέρωση αυτή σηματοδότησε μια νέα εποχή για την περιοχή, φέρνοντας ελπίδες και προοπτικές για την αποκατάσταση της πολιτιστικής και κοινωνικής της ταυτότητας.
Μετά τους Βαλκανικούς Πολέμους και την ενσωμάτωση του Ζαγορίου στην Ελλάδα, η περιοχή γνώρισε έντονη μείωση του πληθυσμού λόγω μετανάστευσης προς τα μεγάλα αστικά κέντρα. Κατά τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, και ιδιαίτερα με την ιταλική επίθεση το 1940, οι κάτοικοι του Ζαγορίου βρέθηκαν στην πρώτη γραμμή και επέδειξαν απαράμιλλη ανθεκτικότητα και αλληλεγγύη. Οι γυναίκες, ιδιαίτερα, συνέβαλαν καθοριστικά μεταφέροντας εφόδια και τραυματίες, παρά τις δύσκολες συνθήκες.
Στη διάρκεια της κατοχής, η περιοχή επλήγη από συγκρούσεις ανάμεσα στους Γερμανούς και τις δυνάμεις των ανταρτών, όπως η ομάδα του Ναπολέοντα Ζέρβα. Οι μάχες αυτές προκάλεσαν σοβαρές καταστροφές, με πολλά χωριά και τη Μονή Βουτσά να πυρπολούνται από τους Γερμανούς ως αντίποινα. Οι απώλειες ήταν μεγάλες, με 1.679 σπίτια καμένα και 171 ανθρώπινες ζωές χαμένες.
Το Ζαγόρι, κατά την περίοδο του Ελληνικού Εμφυλίου, σχεδόν εγκαταλείφθηκε, καθώς οι κάτοικοι αναγκάστηκαν να φύγουν λόγω των πολεμικών συγκρούσεων.
Από τη δεκαετία του 1980, ξεκίνησαν κρατικές προσπάθειες για τη διατήρηση του πολιτιστικού και φυσικού πλούτου του Ζαγορίου. Η προσοχή στράφηκε στη διαφύλαξη της παραδοσιακής αρχιτεκτονικής, στην αναγέννηση της τοπικής κληρονομιάς, και στην προστασία του μοναδικού φυσικού περιβάλλοντος της περιοχής, διασφαλίζοντας ότι το Ζαγόρι θα παραμείνει ένας ζωντανός τόπος ιστορίας και φυσικής ομορφιάς.
Τα Ζαγοροχώρια αποτελούν ζωντανά μνημεία πολιτιστικής κληρονομιάς, με τους κατοίκους να διαφυλάττουν με ευλάβεια τα ήθη και τα έθιμα της περιοχής. Η μοναδική αρχιτεκτονική των πετρόχτιστων σπιτιών και γεφυριών, η παραδοσιακή μουσική, το φυσικό κάλλος, η άγρια ομορφιά των βουνών, και η πλούσια χλωρίδα και πανίδα είναι μερικά από τα πιο αναγνωρίσιμα χαρακτηριστικά του τόπου.
Ως περιοχές σπάνιας ομορφιάς και οικολογικής αξίας, τα Ζαγοροχώρια προστατεύονται αυστηρά τόσο από την ελληνική νομοθεσία για την προστασία του περιβάλλοντος όσο και από διεθνείς κανονισμούς. Υπάγονται στο δίκτυο NATURA 2000 και αποτελούν μνημεία που προστατεύονται από την UNESCO, ώστε να διατηρηθεί ανέπαφη η φυσική και πολιτιστική τους ταυτότητα για τις επόμενες γενιές.